Das Gelände der heutigen Justizvollzugsanstalt ist ursprünglich von der Ruhrkohle AG als Wohnheim für Angehörige des Bergwerks Niederberg konzipiert und erbaut worden. Zwischen 1954 und 1957 wurde die Außenschachtanlage des Bergwerks Niederberg „Schacht 3“ in Moers-Kapellen errichtet (abgeteuft). In unmittelbarer Nähe entstand 1959 auf dem heutigen Gelände der Justizvollzugsanstalt ein Bergarbeiterwohnheim, das Knappenheim. Knappe ist eine veraltete Bezeichnung für jemanden, der die Ausbildung als Bergmann erfolgreich abgeschlossen hat.
Nach Kauf durch die Justiz und entsprechendem Umbau wurde Anfang 1984 die Justizvollzugsanstalt Moers-Kapellen als Zweiganstalt der Justizvollzugsanstalt Kleve in Betrieb genommen. Als eigenständige Behörde existiert die Anstalt seit dem 01.02.1985. Die ursprüngliche Belegungsfähigkeit lag bei 252 Haftplätzen in insgesamt vier Hafthäusern. Daneben gab es zwei Verwaltungs- und ein Wirtschaftsgebäude sowie einen Tennisplatz mit Kunststoffbelag.
Baulich bedingt gab es zunächst nur Gemeinschaftshafträume, d. h. die Gefangenen waren ausschließlich gemeinschaftlich mit zwei bzw. drei weiteren Gefangenen untergebracht. Im Mai 2001 wurde ein weiteres Hafthaus in Betrieb genommen, das über 43 Einzelhaftplätze, inkl. einem behinderten- und rollstuhlgerechten Haftplatz, verfügt. Zu diesem Zeitpunkt konnten in der Justizvollzugsanstalt Moers-Kapellen 298 Inhaftierte untergebracht werden.
Ab Herbst 2008 wurden umfangreiche Baumaßnahmen durchgeführt. In einer Gesamtbauzeit von fast drei Jahren entstand ein neues Verwaltungsgebäude mit einem geschlossenen Vollzugsbereich (25 Haftplätze) und ein weiteres Hafthaus. Dafür musste der alte Tennisplatz zwar weichen, jedoch entstand im Zentrum der Anstalt ein Mehrzweckspielfeld mit Kunstrasen.
Heute liegt die Belegungsfähigkeit bei 362 Haftplätzen.
Die Anstaltsleiter/innen seit Bestehen der JVA Moers-Kapellen:
2021 bis dato Beate Peters
2014 bis 2021 Frau Brigitte Kerzl-Steinkellner
2005 bis 2014 Frau Elke Krüger
2001 bis 2004 Herr Michael Metzner
1984 bis 2001 Herr Ortwin Diepolder